第二阶段 盟军多处登陆，日军溃败
(1943年9月17日～1944年7月30日)
9月13日～16日，日军萨拉马瓦和莱城守城部队先后向北转移。
9月22日，澳军第9师一部在休恩半岛东端登陆，10月2日占领新几内亚东部的芬什港。当日，日军第20师从马当前往增援，遭重创。
至12月上旬，盟军登陆部队与守岛日军胶着战，日军顽强抵抗，盟军边作战、边补给。
12月19日，日军第20师由于损失惨重，开始向锡奥地区撤退。
12月下旬，盟军在战斗间隙里完成了战役第二阶段的准备，准备实施全面夺岛进攻行动。
1944年1月2日，美军第32师一部在赛多尔登陆，切断了日军在锡奥与马当之间的联系，迫使日军由内陆向马当、博吉亚、韦瓦克退却。
4月22日，美军绕过日军重兵防守的博吉亚、韦瓦克，美军战舰和一队队登陆艇冲破晨雾，在艾塔佩和荷兰迪亚(今查亚普拉)登陆，几乎未遇任何抵抗就夺占了登陆场。
4月26日，美军在荷兰迪亚发动攻势，全歼日本守军，己方伤亡约1100余人。
4月27日，麦克阿瑟命令艾克尔伯格乘胜再向西跃进一步，夺取距荷兰迪亚170余公里的瓦克德-萨尔米地区，以夺取日军的机场。5月17日，盟军在瓦克德岛及其对岸的马劳湾濒海地区登陆，经过4天紧张激烈的战斗，于21日控制了该地区。
5月27日，即在拿下瓦克德岛一周后，麦克阿瑟指挥登陆部队实施了比亚克岛登陆战，遭日军顽强抵抗，苦战2个多月始占该岛。
7月2日，美军占领新几内亚岛西部的农福尔岛。随后，盟军避开日军重点设防的马诺夸里向西挺进。
7月30日，盟军在新几内亚岛最西部的鸟头半岛西北岸的桑萨波尔登陆，夺占了日军在新几内亚岛的最后一个据点。至此，新几内亚战役结束。
战事评价
新几内亚战役是盟军在第二次世界大战中突破传统战法的一次非常成功的战例。从1943年6月底到1944年7月底，麦克阿瑟指挥部队采取“蛙跳”战术一层层地深入日军的弧形防线，西进1800多公里，北进100多公里，数股敌人被孤立，断绝了与外界的联系，粉碎了日军“死守耗敌”的企图，为美军后续登陆作战提供了极其宝贵的经验。
盟军采用的“蛙跳”战术，是指不采用逐一收复各岛的战法，而是收复一个岛屿后，跳过下一个(数个)岛屿，而攻占下下一个岛屿，特别是跳过日军重兵固守且修建有坚固工事的岛屿，并以强大的海空力量封锁这些被日军占领的岛屿，在更有利的情况下再攻占这些岛屿。在战役中，盟军通过“蛙跳”战术割开日军防线，破坏了战争中最重要的物资供应链，小范围孤立驻守岛屿的日军，打击其嚣张气势、瓦解其心理防线，避免了强攻众多岛屿时可能出现的大量伤亡。 王凤岭
兵力对比
■日军守岛部队：陆军第8方面军(今村均上将任司令)的第18集团军和第4航空军，海军东南方面舰队(草鹿任一海军中将任司令)的第9舰队;驻新几内亚西部地区的日军为第2集团军。其中，防守莱城和萨拉马瓦登陆地区的日军有1万人，战斗机185架、轰炸机204架。
■盟军参战部队：美国陆军第6集团军的第24、第32、第41师，美海军第7舰队、第58特混舰队、第5航空队，澳大利亚第3、第5、第7、第9师，指挥官为道格拉斯·麦克阿瑟美军上将。